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| Registros recuperados : 50 | |
| 1. |  | RIBEIRO, M. R.; FREIRE, F. J.; MONTENEGRO, A. A. A. Solos halomórficos no Brasil: ocorrência, gênese, classificação, uso e manejo sustentável. Tópicos em Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 3, p. 165-208, 2003.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | FREIRE, F. J.; SILVA, F. C. da; VENEGAS, V. H. A. Modelagem para fertilização e calagem na cultura de cana-de-açúcar. In: SILVA, F. C. da; ALVES, B. J. R.; FREITAS, P. L. de (Ed.). Sistema de produção mecanizada da cana-de-açúcar integrada à produção de energia e alimentos. Brasília, DF: Embrapa, 2015. v. 1, pt. 3, cap. 5, p. 490-547.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | SILVA, F. C. da; FREIRE, F. J.; VENEGAS, V. H. A.; CASTRO, A. de. Otimização da fertilização e calagem na cultura de cana-de-açúcar por modelagem. In: MAGNONI JÚNIOR, L.; STEVENS, D.; SILVA, W. T. L. da; VALE, J. M. F. do; PURINI, S. R. de M.; MAGNONI, M. da G. M.; SEBASTIÃO, E.; BRANCO JÚNIOR, G.; ADORNO FILHO, E. F.; FIGUEIREDO, W. dos S.; SEBASTIÃO, I. (Org.). JC na Escola Ciência, Tecnologia e Sociedade: mobilizar o conhecimento para alimentar o Brasil. 2. ed. São Paulo: Centro Paula Souza, 2017. p. 457-462.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | BROGGI, F.; OLIVEIRA, A. C. de; FREIRE, F. J.; FREIRE, M. B. G. dos; NASCIMENTO, C. W. A. do. Adsorption and chemical extraction of phosphorus as a function of soil incubation time. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v.14, n.1, p.32–38, jan., 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 12. | | SANTOS, P. R. dos; RUIZ, H. A.; NEVES, J. C. L.; FREIRE, M. B. G. dos S.; FREIRE, F. J. Acúmulo de cátions e, dois cultivares de feijoeiro crescidos em soluções salinas. Revista Ceres, Viçosa, v. 56, n.05, p.666-678, set/out. 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 13. | | SILVA, F. C. da; MURAOKA, T.; CASTRO, P. R. de C. e; FREIRE, F. J.; TAVARES, S. Avaliação da adubação nitrogenada e potássica em soqueiras de cana-de-açúcar sem queima. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. [Uberlândia]: SBCS: UFU, ICIAG, 2011. p. 1-4. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 16. | | SILVA, F. C. da; FREIRE, F. J.; ALVAREZ-VENEGAS. V. H.; CASTRO, A. de; NAKAMOTO, A. de S. Modelagem para otimização da fertilização e calagem na cultura de cana-de-açúcar. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE INSTRUMENTAÇÃO AGROPECUÁRIA, 2014, São Carlos, SP. Ciência, inovação e mercado: anais. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2014. p. 657-660. SIAGRO 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 17. | | BONFIM, E. M. S.; FREIRE, F. J.; SANTOS, M. V. F.; SILVA, T. J. A.; FREIRE, M. B. G. S. Níveis críticos de fósforo para Brachiaria brizantha e suas relações com características físicas e químicas em solos de Pernambuco. Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 28, n. 2, p. 281-288, mar./abr. 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Solos / UEP-Recife. |
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| 18. | | FREIRE, F. J.; SILVA, F. C. da; VENEGAS, V. H. A.; SILVA, G. S. P. L. da; SILVEIRA, F. Balance de nutrientes y recomendación de fertilizantes y encalado en caña de azúcar por modelaje. In: CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN DE TÉCNICOS AZUCAREROS DE CENTROAMÉRICA , 19.; CONGRESO DE TÉCNICOS AZUCAREROS DE COSTA RICA, 20., 2013, San José. Memoria... Costa Rica: [s.n.], [2013]. t. 1. p. 273-278. Editor: Carlos Saénz Acosta.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 19. | | BARBOSA, M. D.; MARANGON, L. C.; FELICIANO, A. L. P.; FREIRE, F. J.; DUARTE, G. M. T. Florística e fitossociologia de espécies arbóreas e arbustivas em uma área de caatinga em Arcoverde, PE, Brasil. Revista Árvore, Viçosa-MG, v. 36, n. 5, p. 851-858, set. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | CORRÊA, R. M.; NASCIMENTO, C. W. A. do; SOUZA, S. K. de S.; FREIRE, F. J.; SILVa, G. B. da. Fosfato de gafsa e superfosfato triplo na produção de matéria seca e absorção de fósforo pelo milho. Sci. Agric. (Piracicaba, Braz.), v. 62, n.2, p. 159-164, mar./apr. 2005 p. 159-164| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| Registros recuperados : 50 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
26/07/2019 |
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Data da última atualização: |
30/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
Leísa Pires Lima, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFC; José Marcelo Soriano Viana, UFV; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Triple categorical regression for genomic selection: application to cassava breeding. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 76, n. 5, p. 368-375, Sept./Oct. 2019. |
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DOI: |
10.1590/1678-992X-2017-0369 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The TCR method was suitable to estimate variance components and heritability, and the TCR/G-BLUP method provided efficient GEBV predictions. Thus, the proposed methods provide new insights for GWS. MenosGenome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
BLASSO; G-BLUP; Genética quantitativa; Genomic heritability; Genomic prediction; Herdabilidade genômica; Molecular markers; Predição genômica; Quantitative genetics theory; Ridge. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular. |
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Thesaurus NAL: |
Prediction. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/199876/1/2019-M.Deon-SA-Triple.pdf
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Marc: |
LEADER 02695naa a2200337 a 4500
001 2110879
005 2019-10-30
008 2019 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1590/1678-992X-2017-0369$2DOI
100 1 $aLIMA, L. P.
245 $aTriple categorical regression for genomic selection$bapplication to cassava breeding.$h[electronic resource]
260 $c2019
520 $aGenome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The TCR method was suitable to estimate variance components and heritability, and the TCR/G-BLUP method provided efficient GEBV predictions. Thus, the proposed methods provide new insights for GWS.
650 $aPrediction
650 $aMarcador Molecular
653 $aBLASSO
653 $aG-BLUP
653 $aGenética quantitativa
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653 $aRidge
700 1 $aAZEVEDO, C. F.
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aSILVA, F. F. e
700 1 $aVIANA, J. M. S.
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773 $tScientia Agricola$gv. 76, n. 5, p. 368-375, Sept./Oct. 2019.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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